En el reino de la Nueva Vizcaya, hoy Durango, se fundó este convento por Fr. Juan de San Nicolás ó San Vicente el año de 1622, aprovechando el hecho de que Fr. Gonzalo de Hermosillo, agustino de la Provincia de México, fue elevado al Episcopado de Nueva Vizcaya, territorio segregado de la Diócesis de Guadalajara. Como la fundación estaba condicionada a diversos requisitos y éstos no se cumplieron, debido principalmente a que Mons. Hermosillo falleció en el curso de su primera Visita Pastoral, la fundación siempre se consideró dudosa. Inclusive la Provincia de Michoacón no mostró gran interés por ella. El pueblo se concentraba muy alejado y era muy pobre, se decía. En Durango la gente podía ser de dos clases sociales: los pobres y los pobrísimos. Una descripción de 1777 nos dice: "El Convento de San Agustín está ocupado por dos o tres religiosos, es un edificio bajo de alguna extensión y sin comodidad; la Iglesia, una pieza chica de adobe y sin hermosura".

Con el tiempo todo habría de cambiar, pues en el año de 1673 se coloca en el templo la bellísima imagen de Nuestro Padre Jesús. Fue traída de España por unos durangueses; entre ellos se contaban Don Francisco Gómez de la Vega, Don Pedro Calleros y su esposa Doña Josefa Silva. Nació entonces la Hermandad de Nuestro Padre Jesús Nazareno, cuyos miembros usaban una túnica morada y un cinto al cuello. Éstos, apropiándose de la imagen, la disputaron a los padres agustinos y la llevaron a la iglesia de la Compañía, donde estuvo una buena temporada. Los agustinos, a fin de recobrarla, empezaron a edificar la actual Iglesia de San Agustín y así, a pesar de los alegatos de los "morados", la milagrosa imagen pasó en forma definitiva al templo de los agustinos. Actualmente puede ser considerado el Patrón popular de la ciudad de Durango.